《二战风云》中最为人所知的设定之一，便是纳粹德国秘密研究的“克里斯塔尔能源”。根据游戏背景设定，这种能源源自一块在南极被德国科学家发现的神秘水晶，它拥有无穷的能量，足以为德国的超级武器“维尔萨光束炮”提供动力。这种武器据称能够一举摧毁整座城市，改变战场局势。而游戏的指挥官们就需要阻止德国人的这一计划，保护世界免受毁灭。
面对纳粹德国的克里斯塔尔能源，盟军自然不可能坐以待毙。在《二战风云》中，盟军方面也有着自己的超能源研究，那就是以著名的科学家爱因斯坦为首的“时间错位理论”。游戏中提到，通过研究这一理论，盟军成功开发出“时间机器”，可以短暂回到过去，干预历史，阻止纳粹德国获取克里斯塔尔能源。这种干预历史的行为充满了风险，也为游戏增添了许多复杂而紧张的任务，考验着玩家的智慧与策略。
在《二战风云》的世界观中，苏联并未落后，他们拥有自己的超能源科研成果，那就是“精神控制技术”。据游戏设定，苏联的科学家们发现了一种特殊的电磁波，可以有效地干扰和控制人的意识。将这项技术运用到战场上，苏联军队能够在无形中控制敌军，乃至于转化敌人为自己阵营。这种超能源的存在，使得苏联成为战场上的一股不容小觑的力量。
相对于其他大国的科技手段，游戏中的日本走的是一条与众不同的道路。《二战风云》里提到，日本依靠古老的仪式和神秘的“龙之力”，试图控制自然力量为己所用。在御守岛的隐秘地下，日本的祭司执行古老仪式，通过与神灵的沟通获取能量，试图唤醒“天龙”，以此来决定战场的胜负。虽然听起来带有浓厚的神秘色彩，但，这种力量不容小觑，能够在关键时刻为日本军队带来转机。
《二战风云》通过引入这些虚构的超能源设定，不仅增添了游戏的趣味性，也为玩家提供了丰富的想象空间，让人们在享受策略战斗的也能够对二战这一历史节点有更多元的理解和想象。虽然这些超能源并非历史事实，但它们的存在无疑为游戏的世界观增添了更多魅力，激发了玩家探索历史的兴趣。在《二战风云》的虚拟战场上，每一位玩家都有机会改写历史，体验不同于真实历史的二战冒险。
